ここは、学園都市の全女子生徒が羨望の眼差しを注ぐ名門女子校・常盤台中学。もちろん通う生徒は全員“お嬢様”である。その“お嬢様”のひとり、御坂美琴が体育の授業後に、汗をかいた身体を洗おうとシャワーを浴びていると、隣から一人の少女が声をかけてきた。白井黒子。学園都市の治安を守る『風紀委員』であり、空間移動能力を持つ大能力の少女。彼女は、美琴を放課後のショッピングに誘う。―それが、黒子の長い長い一日の始まりになった。お姉様・御坂美琴の本当の姿を知る、長い長い一日の…。お姉様と“あの殿方”が交差するとき、白井黒子の物語は始まるのですの。