学園都市最大級行事「大覇星祭」。それは、超能力開発機関である学園都市に存在する全ての学校が合同で体育祭を行う、という超大規模イベントだ。その行事には、もちろん上条当麻も参加する。しかし彼の“不幸”は健在で、空腹のインデックスには噛みつかれ、大覇星祭運営委員の吹寄制理には糾弾され、御坂美琴には競技中にビリビリを喰らわされ…！？そんな中、謎の霊装『刺突杭剣』を巡り、とある魔術師が学園都市に侵入した。オリアナ＝トムソン。魔術業界屈指の「運び屋」で、『追跡封じ』と称される彼女の目的とは…！科学と魔術が交差するとき、上条当麻の物語は始まる―。