メガトロンとの戦いから２年。地球の人々の憎しみの的となり雌伏の時を過ごしたオートボットは、状況打開を焦った結果、歴戦の勇士アイアンハイドを失ってしまう。大胆な変容を求めて司令官のオプティマス・プライムは人類に投降。残された者達は各々の思惑に引きずられ瓦解の危機を迎えるが、新たな司令官に選出されたバンブルビーの下、はぐれディセプティコンとの戦いで人類側組織スカイウォッチとの和解を実現する。こうして人類とオートボットの関係は新たな一頁を迎えたものの、逃亡したディセプティコンの行方は杳として知れなかった…。人類との和解を果たしたオートボットを待つ新たな危機とは？待望のオンゴーイング・シリーズ第２弾登場！