雌伏の２年間を経て、ついに人類との和解を果たしたオプティマス・プライムとオートボット達だったが、安住の地を得たと思った矢先、思わぬ緊急事態に見舞われる。逃亡したコンバッティコンがＮ国に傭兵として雇われ、隣国に侵攻したのだ。スカイウォッチと共に鎮圧に向かうオプティマス一行。だが、膝元の合衆国では、今後、トランスフォーマーと関係を持った国は大量破壊兵器の保有国と見なすとの大統領声明が発表された直後にオートボットとスカイウォッチの関係が露呈し、群集がスカイウォッチ本部に押し寄せる事態となっていた。オプティマスらは、新たにプレダコンをも巻き込んだ激闘を制したものの、スカイウォッチ本部ではついに悲劇が現実となっていた。一発の銃弾がバンブルビーの胸を貫いたのである。人類とオートボットの関係は再び泥沼に陥ってしまうのか…。瓦解寸前のディセプティコンの反撃が始まるオンゴーイング・シリーズ第３弾！