２００２年、世界が永久にその姿を変えてしまった。Ｙ染色体を持つ全ての大人・子供・哺乳類が、突如として息絶えたのだ。地球の全人口の半数以上が失われ、社会の歯車は止まった。事態を収拾できるのは、残された女性たちだけ。彼女たちは、文明の崩壊を防ぐべく立ち上がった。しかし、この“男の大量死”は、男の全滅には至らなかった。ヨリック・ブラウンと彼の飼い猿の“アンパサンド”は、どういうわけか死を免れたのだった。ごく普通の２０代の青年は、一瞬にして地球上で最重要人物となった。男のみを死に至らしめた謎の伝染病の正体を突き止める鍵は、彼が握っていると思われた。ヨリックたちは横潟から船に乗り、中国の深〓（せん）に到着した。一行はマン博士の言葉を受けて国際生命倫理学研究所へと向かう。彼らがそこで目にしたものとは…？その後、シベリア鉄道に揺られて一路パリへ。５年の月日をかけて世界各地を旅してきたヨリックたちは、すべての真実を解き明かすことができるのか。そして、最愛の恋人ベスとの再会を果たせるのか。地球最後の男をめぐる物語が、ここに完結！