新たなボディを得て復活したメガトロンが再び地球に降り立った。この事態にオートボットは、他国での騒乱に出動したオプティマスら主軸を欠きながらも大敵に挑むが、まるで歯が立たない。ディセプティコンの妨害に遭いながらも戦場に辿り着いたオプティマスは、衛星兵器まで駆使してメガトロンとの決着を図るが、それでも宿敵に引導を渡す事はできない。しばし後、オートボット基地に現れたのは、意識を失ったオプティマスを引きずるメガトロンだった。かの破壊大帝がオートボットに投降してきたのだ。メガトロンの不可解な行動に疑心暗鬼となるオプティマス。その困惑は確実に仲間達に伝染しようとしていた。物語の大きな転換点となるオンゴーイング・シリーズ第４弾！